I mosaici che decorano le absidi e le navate del santuario raffigurano storie cicliche dell'Antico e del Nuovo Testamento. Gli episodi sono narrati in 130 riquadri con iscrizioni greche e latine. Troviamo poi il ciclo delle storie di San Pietro a destra e di San Paolo a sinistra, mentre le pareti del santuario ospitano due episodi relativi a Guglielmo II. L'abside centrale è dominata dall'imponente figura del Cristo Pantocrator, di notevole impatto scenografico.