Il patrimonio d’arte giapponese e cinese del museo fu raccolto dall'incisore genovese Edoardo Chiossone, attivo a Tokyo tra il 1875 e il 1898. La collezione fu inviata a Genova alla morte del Chiossone (1898) e nel 1905 fu inaugurato il museo. Nel 1948 Il Comune di Genova deliberò la costruzione di una nuova sede espositiva, completata nel 1970 nel parco dell’antica villetta neoclassica Di Negro. Dal 1971 al 1998 il museo ha mantenuto il medesimo allestimento che solo recentemente è stato interamente rinnovato.