La chiesa attuale (o del Maryrion) è il frutto di un restauro realizzato da Edoardo Collamarini nei primi decenni del Novecento. L’edificio - detto anche chiesa della Croce o del Calvario - ha una forma longitudinale piuttosto anomala dovuta a vari interventi che ne fanno un edificio eclettico. L'edificio è raggiungibile dal Cortile di Pilato; si presenta con un corpo a due navate trasversali su cui si apre una cappella cruciforme (Cappella della Croce) e diversi piccoli ambienti (absidiole e camere quadrate) ricostruiti nel Novecento sulla base di più antiche tracce pavimentali.