A partire dal 1598, su progetto dell’architetto Aurelio Trezzi, ingegnere collegiato di Milano già successore del Pellegrini nella Fabbrica del duomo, viene iniziata la prima fase di lavori di ristrutturazione della chiesa che interessa l’allungamento di una campata per le tre navate e il completo rifacimento della fronte. La facciata, che sarà in seguito distrutta, segue lo schema tipico del tempo: una scomposizione orizzontale in due parti, separate da una fascia marcapiano, e un timpano triangolare. Il ritmo verticale è scandito dalle lesene. Al centro si apre un ricco portale con ai lati due semplici porte. Nessun elemento scultoreo adorna la fronte.