Furono i frati francescani ad avviare la costruzione della attuale chiesa e lo fecero nelle anacronistiche forme tardo-gotiche: i lavori iniziarono nel 1520 ma la chiesa non venne completata. Nel 1582, per conformare la Chiesa ai dettami tridentini, i Lomellini si impegnarono a pagare tutti i lavori, in cambio dell'uso della chiesa come cappella di famiglia. Sotto il loro patrocinio si realizzò la maggiore impresa artistico-architettonico-pittorica del Seicento genovese che fu diretta dal 1615 da Giovanni Domenico Casella e Giacomo Porta.  

DA SAPERE: I  Frati Umiliati nel 1228 edificarono la piccola chiesa di Santa Marta del Prato su di un'area spianata per ragioni di sicurezza in seguito ai lavori di costruzione delle nuove mura. Da qui probabilmente il toponimo di Vastato, da guastum o vastinium, cioè demolizione.