La chiesa è tra le otto chiese più antiche di Venezia. Si racconta che venne fondata nel 639 da San Magno, vescovo di Oderzo, sul luogo in cui gli apparve la Vergine come donna formosa, ovvero bellissima. L’edificio attuale è uno dei capolavori di Mauro Codussi (1492-1504) che ripropone l’impianto bizantino a croce greca razionalizzandolo in forme rinascimentali. La facciata principale venne eretta nel 1542 per celebrare il grande capitano da mar Vincenzo Cappello, del quale è presente sopra il portale la statua.