(piano terreno, sala 1)
L'episodio è rappresentato secondo il testo della vita del santo redatta da Tommaso da Celano. Si racconta che san Francesco ricevette le stigmate davanti alla grotta della Verna, dove ebbe la visione di Cristo coperto dalle ali di serafini. Van Eyck aggiunse al racconto la figura del frate Leone, il confratello addormentato sulla roccia della grotta, e sullo sfondo un bellissimo paesaggio con una città fiamminga in lontananza. Del dipinto esiste una versione pressoché identica nel Museum of Art di Philadelphia, riconosciuta come replica autografa. Si ritiene che i due dipinti corrispondano a quelli descritti nel testamento del mercante fiammingo-genovese Anselm Adornes, che nel 1470 lasciò un San Francesco di van Eyck a ciascuna delle sue due figlie.