L’aspetto attuale del chiostro si deve agli interventi di Cosimo Fanzago, architetto della Fabbrica della Certosa dal 1623 al 1656, che operò sulla struttura tardocinquecentesca di Giovanni Antonio Dosio. Di Fanzago sono inoltre i busti dei Santi e Vescovi dell’ordine certosino che campeggiano sopra le sette porte d’angolo: le figure sono caratterizzate da intenso realismo nelle pose e nelle espressioni dei volti. L’architetto e decoratore bergamasco realizzò anche  il cimitero dei monaci dentro il chiostro, con i famosi teschi che decorano la balaustra.