Commissionata da Carlo II d’Angiò, la chiesa fu costruita fra il 1283 e il 1324 inglobando l’edificio benedettino di San Michele Arcangelo a Morfisa, il cui portale è ancora visibile accanto l’abside di San Domenico. Successive modifiche si ebbero a seguito del terremoto del 1456 e soprattutto con il restauro di Federico Travaglino, eseguito fra il 1850 e il 1853, che diede una nuova immagine neogotica all’interno. L’attuale convento fu in origine sede dello “Studio”, dove Tommaso d’Aquino insegnò Teologia e dove studiò Giordano Bruno. Bernardino, raffinato poeta partenopeo, è stato realizzato da Giovanni Domenico d’Auria fra il 1569 e il 1571: le sculture del Tevere e dell’Arno presenti nel sepolcro alludono alle liriche del poeta, composte sia in lingua latina, sia in lingua italiana.