Figura di rilievo del Seicento napoletano, si formò presso il pittore manierista Fabrizio Santafede. Iniziò la sua attività artistica in età avanzata, ottenendo le prime committenze nel 1615. Tra il 1617 e il 1618 soggiornò a Roma impegnato nella chiesa di Santa Maria alla Scala. Qui entrò in contatto con le tele di Caravaggio, dei Carracci e del Reni. L’influenza subita dall’opera del Merisi fu moderata e comunque non avvenne per contatto diretto col pittore poiché, quando Caravaggio soggiornò a Napoli, Stanzione era poco più che ventenne e non ancora avviato alla carriera artistica. Del naturalismo caravaggesco dovette piuttosto assimilare una forma “ingentilita” da Simon Vouet e Battistello Caracciolo. A Roma tornò diverse volte, ottenendo importanti riconoscimenti (i titoli dello «Speron D’oro» e dell’«Ordine di Cristo»), fino al 1630, quando si stabilì definitivamente a Napoli. Prima di questa data dipinse la Pietà di Palazzo Barberini a Roma (1623) e il Sacrificio di Mosè di Capodimonte (1628-30). Nei due decenni successivi si concretizzò un progressivo allontanamento dal naturalismo caravaggesco e un accostamento al morbido classicismo della scuola emiliana, giunto a Napoli con Guido Reni e Domenichino.  A questo periodo appartengono le pale d’altare del Duomo di Pozzuoli (1635-37), gli affreschi nella chiesa Gesù Nuovo (1639-40), le decorazioni nelle cappelle di san Bruno (1631-37) e di san Giovanni Battista (1644-45) nella Certosa di San Martino.
Gli ultimi anni segnarono una evidente apertura verso il “nuovo” stile barocco, interrotta bruscamente dalla morte sopraggiunta durante la terribile epidemia di peste che, nel 1656,  flagellò la città di Napoli.