Come predetto dall'arcivescovo Carlo Borromeo, a un anno dalla sua morte (1585) un'inferma fu guarita davanti al dipinto della Madonna del Latte, allora esposto su Piazza della Vetra. In seguito a quest'evento, le donazioni alla chiesa si moltiplicarono permettendo un più rapido avanzamento dei lavori di ricostruzione della cupola, crollata improvvisamente nel 1573. Nel 1626, al completamento di tutti i progetti, il dipinto venne trasferito sull'altare maggiore.