L’interno è contraddistinto da una ricchissima decorazione marmorea policroma e da stucchi dorati e da un ciclo di affreschi unitario, tutti elementi che ne fanno un vero e proprio scrigno del barocco genovese.  A Giovanni Carlone si deve la decorazione delle volte del presbiterio, del transetto e della navata, con episodi della vita di Cristo e della Madonna. L'iconografia tiene conto del particolare impegno missionario dei Gesuiti e del loro ruolo di difensori dell'ortodossia, contro le eresie e la Riforma protestante. Giovanni Carlone si dimostra narratore efficace, non grandissimo innovatore, ma di certo affidabile interprete di chiari contenuti dottrinali che animano le sue affollate rappresentazioni