La chiesa, iniziata dagli Eremitani di Sant'Agostino nel 1294, venne profondamente modificata all'inizio del Quattrocento quando si prolungò il presbiterio grazie a un ponte che, con una soluzione unica a Venezia, oltrepassa un rio e sorregge l'abside. La facciata fu arricchita dello splendido portale marmoreo, probabile opera di Bartolomeo Bon (1438-1442), e venne costruito il campanile, uno dei "campanili pendenti" più alti di Venezia (66 metri di altezza e un'inclinazione di 2 metri, bella visuale da Campo Sant'Angelo).