La chiesa attuale, ricostruita dopo l'incendio fra il 1514 e il 1531, conserva ancora il campanile originario del Trecento. La pianta è a croce greca inscritta in un quadrato, l'aspetto dell'interno è puramente rinascimentale e classicheggiante.
La chiesa era sede di diverse confraternite di mercanti e di scuole di arti e mestieri: i biavaroli, i corrieri, i gallineri e i telaroli, che facevano a gara nell'abbellirla con opere d'arte. Il Vasari racconta che fu commissionata a Tiziano la Pala dell'altare maggiore che rappresentava San Giovanni Elemosinario, titolare della chiesa, questi dipinse un'opera bellissima. Poi partì per Bologna. In sua assenza, alcuni nobili veneziani, per sfidarlo, commissionarono al Pordenone la pala per la cappella absidale destra, che raffigurava i Santi Caterina, Rocco e Sebastiano. Tiziano, ritornato a Venezia e trovando la pala del Pordenone in competizione con la propria, andò su tutte le furie. La realtà storica però smentirebbe la tesi del Vasari, perché la pala del Pordenone datata 1530-1535 sarebbe antecedente a quella di Tiziano datata 1545-1550.
Nel 1591 la Scuola dei Mercanti commissionò ad Antonio Vassilacchi detto l'Aliense una Lavanda dei piedi che fu posta a sinistra dell'altare maggiore a completamento del ciclo della Passione di Gesù realizzato da Leonardo Corona e che comprendeva l'Orazione nell'orto e la Crocifissione di Cristo.