Il dipinto fu commissionato dalla Confraternita dei Palafrenieri per il proprio altare, dedicato a Sant'Anna, nella nuova basilica di San Pietro.  L'opera rimase nella sede originaria solo pochi giorni, per essere poi trasferita nella chiesa di Sant'Anna dei Palafrenieri, e infine acquistata dal cardinale Borghese.###
L'opera rimase nella sede originaria solo pochi giorni, per essere poi trasferita nella chiesa di Sant'Anna dei Palafrenieri, e infine acquistata dal cardinale Borghese. Sono ancora incerte le cause della sua rimozione dall'altare: forse per motivi di decoro - vista la prorompente scollatura della Vergine e la nudità di un bambino non più in fasce - oppure per ragioni di carattere teologico, o più probabilmente per assecondare il desiderio di possesso del cardinale Borghese, nella cui collezione subito dopo il dipinto entrò a far parte. Caravaggio illustra il tema dell'Immacolata Concezione dipingendo la Vergine, simbolo della Chiesa, mentre schiaccia il serpente del Peccato aiutata dalla spinta del piede del Figlio. Accanto a loro, ma in posizione più distaccata, compare Sant'Anna, personificazione della Grazia: proprio questa apparente separazione della Grazia dall'opera di salvezza dell'umanità, in anni di acceso dibattito in seno alla Controriforma, poteva essere guardata con sospetto. Quali che furono i motivi reali, il cardinal nepote riuscì ad ottenere il dipinto per una cifra irrisoria.