Si raggiungono scendendo una scala nella navata destra della basilica e sono poste a circa tre metri al di sotto del livello pavimentale della chiesa cinquecentesca. Impropriamente chiamate “grotte”, occupano lo spazio della basilica costantiniana del IV secolo, pur essendo leggermente sopraelevate rispetto a essa, e sono costituite da tre navate con ai lati le cappelle in cui sono inseriti molti monumenti funebri pontifici e diverse opere d’arte che un tempo decoravano l’antica San Pietro, distrutta per far posto alla nuova.