L'edificio è stato ideato nel 1840 da Giuseppe Jappelli su incarico di Alessandro Torlonia. Si presentava come una costruzione rustica con un rivestimento esterno bugnato in tufo e con l'interno dipinto a tempera ad imitazione di rocce e tavolati di legno. Nel 1908, fino ad allora chiamata Capanna Svizzera, fu trasformata in "Villaggio medievale" su commissione di Giovanni Torlonia Junior, nipote di Alessandro, che affidò i lavori a Enrico Gennari. In questo periodo vennero aggiunti finestre, loggette, porticati, torrette con decorazioni a maioliche e vetrate colorate. La prima citazione come "Casina delle Civette" risale al 1916 per via dell'inserimento di 2 vetrate con raffigurazioni di civette stilizzate inserite disegni di edera realizzate da Duilio Cambellotti e, poi, nell'inserimento ossessivo di decorazioni a forma di civetta qua e là nella casina. Del 1917 sono gli inserimenti, tra cui le tegole in cotto smaltato dei tetti, nella zona meridionale della casina ad opera di Vincenzo Fasolo in stile liberty. Giuseppe Torlonia Junior vi abito fino al 1938, anno in cui avvenne la sua morte. Durante la seconda guerra mondiale fu occupata dalle truppe anglo-americane, con la parziale distruzione avvenne l'inizio di un lungo un periodo buio per la casina fino a tempo dopo dall'acquisto di Villa Torlonia da parte del comune di Roma avvenuto nel 1978, difatti nel 1991 la casina fu interessata da un disastroso incendio acuito da furti e susseguenti vandalismi.
Dal 1992 al 1997 la casina fu interessata dal restauro che l'ha portata all'aspetto attuale.