Riaperte al pubblico nel 2002, costituiscono uno straordinario complesso archeologico che permette di avere l’idea della vita quotidiana in età romana. Tradizionalmente questi ambienti vengono considerati appartenenti alla domus in cui i santi Giovanni e Paolo vissero e subirono il martirio all’epoca di Giuliano l’Apostata (361-363). Gli oltre venti ambienti ipogei sono disposti su diversi livelli e presentano affreschi che vanno dal III secolo al Basso Medioevo. Oltre alla casa di III secolo, restano tracce della precedente insula, il tipico caseggiato popolare romano, ma anche un impianto termale, in cui si conserva l’affresco raffigurante Dioniso e Teti in ambiente marino. Vi è allestito anche un museo con i reperti trovati nell’area occupata dalla basilica.