Inaugurato nel 1995 è organizzato in quattro sale. La prima, quella archeologica, accoglie i resti dell’edificio termale del I secolo d.C., rinvenuto negli scavi del dopoguerra. La seconda, la sala della Storia, espone manufatti che testimoniano le vicende costruttive del monastero. Nella sala dei marmi si ammira il rilievo già in controfacciata con Storie di Santa Caterina d’Alessandria di Giovanni e Pacio Bertini. L’ultima, la sala dei reliquari, è famosa per il busto ligneo dell’Ecce Homo di Giovanni da Nola.