La Basilica, le cui origini risalgono al V secolo, è detta anche in "brolo" dal terreno circostante di proprietà di un arcivescovo. Dapprima intitolata a San Zaccaria, nel secolo IX viene ridedicata a Santo Stefano. Nel 1075 l'edificio viene distrutto da un incendio e ricostruito tra l'XI e il XII sec. sulle antiche fondamenta, assumendo forme romaniche. Artisti seicenteschi contribuirono alle ristrutturazioni: Meda, Buzzi, Richini hanno reso preziosa Santo Stefano, costruendo il campanile e le cappelle, tra cui quella dei Trivulzio del 1595.