La Chiesa venne costruita tra il 1476 e il 1482 su commissione del duca Galeazzo Maria Sforza e su progetto del giovane Donato Bramante. Questi, pur avendo a disposizione un'area di piccole dimensioni, edifica un edificio di respiro monumentale con un corpo longitudinale a tre navate e una cupola all’incrocio dei bracci (immancabile motivo bramantesco). Al fine di mantenere le corrette proporzioni tra i diversi elementi, il presbiterio viene "allungato" illusionisticamente con l’utilizzo di un finto coro in stucco dipinto.