La chiesa fu fondata nel 1125 da Martino Doria e fu completamente modificata in forme gotiche nel 1278. Si affaccia sulla piazza omonima, un angolo perfettamente conservato della Genova medioevale. Il presbiterio e la cupola furono rinnovati a metà del XVI secolo da Giovanni Angelo Montorsoli per volere di Andrea Doria che è sepolto nella cripta; nel 1557-59 su progetto di Giovanni Battista Castello fu modificata la navata dove si trovano, nella volta,  il "Miracolo del dragone d'Etiopia" di Luca Cambiaso e la "Vocazione di San Matteo" di G. B. Castello.