Gli affreschi che decorano le due cappelle, aperte sul lato destro del transetto, risalgono alla maturità del pittore ma sono purtroppo molto danneggiati. La Peruzzi (seconda a destra) fu decorata con Episodi della vita di san Giovanni Battista e san Giovanni Evangelista (1318) mentre la Bardi (prima a destra) fu affrescata con Scene della vita di San Francesco: entrambe le cappelle furono imbiancate nel 1714 e gli affreschi riscoperti solo nell’Ottocento.