La cappella maggiore, costruita su progetto diCiro Ferri per accogliere le spoglie della santa, è uno degli esempi più apprezzati di barocco fiorentino; si  caratterizza per un’accesa policromia dovuta alla compresenza di marmi colorati e materiali diversi. La pala d’altare, opera del pittore romano, raffigura la Vergine e santa Maria Maddalena dei Pazzi; le tele laterali con Cristo e santa Maria Maddalena dei Pazzi e la Vergine presenta il Bambino a santa Maria Maddalena dei Pazzi sono invece di Luca Giordano.