Leonardo era ancora un apprendista quando gli fu chiesto di partecipare alla realizzazione del Battesimo di Cristo, su cui lavorava il suo maestro Andrea del Verrocchio. Giorgio Vasari racconta nelle sue Vite che Verrocchio fu talmente indispettito dalla bravura del giovane che “mai più volle toccar colori”. In realtà il maestro continuò a dipingere, ma l’episodio la dice lunga sullo stupore suscitato da un genio in erba.
 
L’opera, dipinta a tempera e olio su tavola, raffigura Gesù che riceve il battesimo da San Giovanni sulle rive del Giordano. Due angeli inginocchiati assistono alla scena, mentre il Battista regge una croce e un cartiglio che annuncia l’avvento del Salvatore.

Secondo Vasari l’intervento di Leonardo si limitava all’angelo di profilo – simile a quello della Vergine delle Rocce - che spicca per l’articolata posa del corpo, la delicatezza dei lineamenti e la straordinaria naturalezza dei panneggi del manto. Studi più recenti attribuiscono all’artista di Vinci anche il suggestivo paesaggio fluviale, avvolto di luce dorata, e le rifiniture sul corpo del Cristo.

È probabile che, oltre a Leonardo e a Verrocchio, abbia collaborato alla tavola un altro pittore più anziano, autore di dettagli meno evoluti come le mani di Dio Padre e la colomba dello Spirito Santo.