Il Cenacolo è solo una piccola parte del grande complesso benedettino risalente al XIV secolo. La riscoperta del refettorio risale al XIX secolo quando il convento delle monache di clausura venne soppresso e le sue decorazioni svelate al grande pubblico con l’istituzione del museo nel 1891. Oltre alla decorazione di Andrea del Castagno (Ultima Cena, Crocifissione, Deposizione, Resurrezione), il museo conserva altri affreschi staccati dell’artista con le relativa sinopie oltre a dipinti di Neri di Bicci e Paolo Schiavo provenienti dal monastero.