Figlio di un carrettiere, entrò giovanissimo nella bottega del pittore Cosimo Rosselli. Tra le prime opere, caratterizzate dall’influenza di Leonardo e Ghirlandaio, si ricordano l’Annunciazione per il Duomo di Volterra (1495) e il celebre Ritratto di Savonarola (1498). Nel 1499 iniziò l’affresco con il Giudizio Universale lasciato incompiuto in seguito alla decisione di farsi frate nel convento di San Domenico a Prato. Sollecitato dallo stesso priore perché ritornasse a dipingere, realizzò nel 1504 l’Apparizione della Vergine a san Bernardo (Uffizi). Nel 1507 strinse amicizia con Raffaello, determinate, sul piano artistico, per il rapporto di reciproco scambio; l’anno successivo si recò a Venezia dove venne a contatto la pittura di Giovanni Bellini, Giorgione e Tiziano. Nel 1510 ricevette la commissione per la Pala destinata al Salone del Gran Consiglio in Palazzo Vecchio, mai terminata, e oggi conservata al Museo di San Marco. Agli ultimi anni di vita risale il viaggio a Roma (1513-14) durante il quale dipinse i Santi Pietro e Paolo, oggi alla Pinacoteca Vaticana e la Madonna della Misericordia a Lucca. Vasari racconta che il frate morì per un’indigestione di fichi, di cui pare fosse molto goloso.