Anche l’ampia cripta databile intorno al Mille è dedicata ai due protomartiri Vitale e Agricola ed è caratterizzata da pilastri che sostengono una copertura con volte a crociera. L’attuale assetto è frutto di un restauro novecentesco che ha ripristinato la primitiva conformazione medievale, rimuovendo le estrose trasformazioni apportate all’ambiente dall’ingegner Giovan Battista Martinetti che acquistò la cripta nel 1808, includendola all’adiacente giardino all’inglese.