Nell’area presbiteriale trova posto il monumentale coro ligneo realizzato da Fra Damiano Zambelli tra il 1530 e il 1549, poi completato da Bernardino da Bologna. Come ricorda il Vasari nelle Vite (IV, 94), l’opera costituisce uno straordinario esempio di lavoro ad intarsio. I soggetti delle scene, realizzati attraverso l’impiego di qualità differenti di legno, sono tratti dalle storie bibliche, secondo una composizione che si ispira ai disegni di Jacopo Barozzi da Vignola. Nei 56 stalli dell’ordine superiore che compongono il prezioso mobile liturgico, vengono rappresentati episodi dell’Antico Testamento (nell’ala destra) e scene del Nuovo Testamento (a sinistra).