Lungo il lato meridionale della chiesa si trova il cosiddetto “Chiostro dei Morti”, che si fa risalire al XIV secolo. La denominazione deriva dalle molte tombe dei Rettori dello Studium, ovvero dell’antica Università di Bologna. Delle 14 tombe note solo 5 sono oggi visibili anche in altri luoghi della città (es. Piazza S. Domenico). Quelle conservate nella chiesa di San Francesco sono riferibili ad Accursio (morto nel 1258), studioso di diritto, e il figlio Francesco; la tomba centrale è invece di un certo Odofredo (+1265) ed infine una terza tomba destinata a conservare le spoglie di Rolandino Romanzi.