Formatosi alla scuola umbro-marchigiana di Piero della Francesca e a quella fiorentina del Verrocchio, di cui fu allievo tra il 1470 e il 1472, prima di iscriversi alla Compagnia di San Luca. A Firenze ebbe modo di conoscere grandi maestri della pittura rinascimentale come Leonardo, Ghirlandaio e Botticelli. Nel 1476 riceve dai padri Serviti di Perugia l’incarico di dipingere una Adorazione dei Magi, oggi alla Galleria Nazionale dell'Umbria, ma la sua fama crebbe dopo l’arrivo a Roma (1478) e le importati commesse papali, prima fra tutte quella per la decorazione della parete di fondo della Cappella Sistina, alla quale lavorò con Botticelli, Ghirlandaio e Rosselli dal 1481 al 1482, e di cui è testimonianza il Battesimo di Cristo, il Viaggio di Mosè in Egitto e soprattutto la celeberrima Consegna delle chiavi, dipinto in cui si compie la transizione allo stile ‘moderno’, centrato principalmente sull’armonia compositiva e l’uso morbido e sfumato del colore. Nel 1483 partecipa al programma decorativo della Villa di Spedaletto presso Volterra, residenza che Lorenzo aveva deciso di far decorare ai migliori artisti di scuola toscana dell’epoca. Due anni dopo riceve la cittadinanza onoraria da Perugia e realizza il Trittico Galitzin per la chiesa di San Domenico a San Giminiano, mentre nel 1493 apre bottega a Firenze e sposa Chiara Fancelli, il cui viso ricorre in molte Madonne. A questo periodo risalgono le tre tavole per la chiesa di San Giusto degli Ingessati (Crocifissione, Orazione nell'orto e Pietà), il Compianto sul Cristo morto per il Convento di Santa Chiara (1495), la Pala di Vallombrosa (1500) e il famoso Sposalizio della Vergine, (1501 - 1504), ripreso successivamente da Raffaello (che nel frattempo si stava formando alla bottega del Perugino). È il periodo di massimo successo per il Perugino, che dal 1496 al 1550 è chiamato a realizzare il ciclo di affreschi della Sala delle Udienze del collegio del Cambio a Perugia, un’opera in cui vengono trasfusi alcuni dei più importanti valori umanistici (come ad es. quello della concordanza fra sapienza pagana e sapienza cristiana), secondo il programma iconografico elaborato dall’umanista Francesco Maturanzio. Considerata la fama di cui il pittore gode in questo periodo, Isabella d'Este lo sceglie per realizzare il dipinto allegorico della Lotta tra Amore e Castità per il suo studiolo nel Castello di San Giorgio (1503), ma la cattiva riuscita dell’opera segna una battuta d’arresto per il suo successo, tanto che da questo momento molte sue opere verranno aspramente contestate. Vasari racconta che alle critiche mosse alla Pala dell’Annunziata a Firenze (compiuta dopo la morte di Filippino Lippi nel 1504) egli rispose: "Io ho messo in opera le figure altre volte lodate da voi e che vi sono infinitamente piaciute: se ora vi dispiacciono e non le lodate più che ne posso io?". Nella nuova stagione pittorica inaugurata dai talenti creativi di Leonardo, Michelangelo e Raffaello Sanzio, l’opera di Perugino appare ormai fiacca e non più al passo coi tempi. Quest’ultima fase della pittura di Perugino è legata soprattutto ad affreschi realizzati per località minori dell’Umbria, come ad esempio la Pietà e la Vergine in trono di Spello o la Madonna col Bambino per l’oratorio dell’Annunziata di Fontignano, alla quale il maestro stava lavorando poco prima di morire di peste.