Il suo apprendistato si svolse tra il 1464 e il 1467 nella bottega di Filippo Lippi, con cui collaborò agli affreschi del Duomo di Prato; la prime opere mostrano un forte legame con quello del maestro cui, presto, si aggiunse l’influenza di Andrea del Verrocchio e Antonio Pollaiolo. A questo periodo risalgono l’allegoria della Fortezza (1470) e il dittico con le Storie di Giuditta (1472) agli Uffizi. Le opere più emblematiche, intrise di cultura neoplatonica, sono quelle realizzate per i Medici e il loro entourage: la Primavera, la Nascita di Venere (1482), Pallade e il centauro (1482-84), la Madonna del Magnificat (1483-85) agli Uffizi e Venere e Marte di Londra (1485-86). Nel 1481 fu chiamato a Roma per affrescare alcune scene nella Cappella Sistina. Durante il periodo della predicazione di Girolamo Savonarola fu vittima di una crisi interiore che si riflesse nelle opere degli ultimi anni, caratterizzate da un esasperato misticismo, come il Compianto al Poldi Pezzoli di Milano (1495-1500) e la Natività mistica di Londra (1501).