La storia della chiesa è profondamente connessa alle vicende di sant’Ignazio da Loyola, a cui Paolo III concesse la chiesa di Santa Maria della Strada, al posto della quale il santo spagnolo fece erigere il Gesù. In realtà i lavori iniziarono grazie al cardinale Alessandro Farnese nel 1568, con gli architetti Vignola e Giacomo della Porta a cui si deve anche la facciata. Fu consacrata nel 1584 e fu il modello architettonico romano per oltre un secolo, esportato dai Gesuiti in tutta Europa