Il museo è stato allestito nel settecentesco Palazzo del Seminario nel 2004, in occasione della Triennale di Arte Sacra Contemporanea, per la conservazione e la tutela delle principali opere d’arte a soggetto sacro provenienti dagli edifici religiosi urbani. Alla nutrita collezione di dipinti sei-settecenteschi, che testimoniano il ruolo di crocevia culturale che Lecce rivestì durante l’età moderna, si affiancano esempi notevoli di scultura lignea e arredi liturgici quali pissidi, calici e incensieri.