Nato da una nobile famiglia partenopea, giunse a Roma nel 1534, dove iniziò la sua attività decorando facciate di palazzi di cui naturalmente non è rimasta traccia. Nel 1542 affrescò la loggia del Palazzo d’Urbino in via del Corso e tre anni dopo realizzò la Danza di Salomè e la Decollazione del Battista per l’Oratorio di San Giovanni Decollato.
Nel 1548 divenne membro dell’Accademia dei Virtuosi del Pantheon e l’anno seguente, a Tivoli, diresse gli scavi di Villa Adriana e progettò la celebre Villa d’Este per il cardinale Ippolito d’Este.
Nel 1557 iniziò la Fontana del Boschetto nei giardini vaticani per Paolo IV Carafa, elemento di partenza del Casino di Pio IV, che prenderà il nome dal pontefice successivo sotto cui completerà il complesso. Tra il 1560 e il 1561 completò il Palazzo De Torres (oggi Lancellotti) in Piazza Navona, pubblicò una pianta di Roma Antiquae Urbis Imago e sistemò il Cortile del Belvedere progettando il Nicchione che ancora oggi lo caratterizza. Dal 1564 al 1568 successe a Michelangelo come architetto della Fabbrica di San Pietro, ma dopo alcuni contrasti e uno scandalo per furto di antichità, da cui comunque uscì innocente, andò via da Roma e si trasferì a Ferrara, dove ricoprì il ruolo di antiquario del duca Alfonso II d’Este