Nacque da un ricco mercante di pellami e si formò a bottega col Cavalier d’Arpino e con Giacomo Fiammingo (Jacob de Hase). Grazie a quest’ultimo la sua arte si indirizzò verso la pittura di genere e, in particolar modo, verso le scene di battaglia che gli valsero il soprannome con cui è maggiormente noto: Michelangelo delle Battaglie. Dal 1625, l’esplosione del fenomeno dei bamboccianti, guidati dal fiammingo Pieter van Laer, attirò Cerquozzi, che cavalcò l’onda del successo sul mercato di questa versione popolaresca del realismo caravaggesco. Subì i pareri contrari della critica particolarmente avversa nei suoi confronti benché non avesse neppure il merito, come il Bamboccio, di aver iniziato il genere. Dal 1630 in poi i suoi problemi economici sparirono grazie a una fitta rete di committenti. Nel 1634 divenne membro dell’Accademia di San Luca.
Il suo capolavoro fu La rivolta di Masaniello (1647-48, Galleria Spada), ma oltre a battaglie, nature morte e quadri di genere, realizzò anche dipinti a soggetto sacro, come Il figliol prodigo e Adamo, Eva e Abele (Galleria Barberini).